Amoxicillin được chỉ định cho các nhiễm khuẩn sau đây: 
- Nhiễm khuẩn đường hô hấp trên. 
- Nhiễm khuẩn đường hô hấp dưới do liên cầu khuẩn, phế cầu khuẩn, tụ cầu khuẩn không tiết penicilinase và H. influenza. 
- Nhiễm khuẩn đường tiết niệu không biến chứng. 
- Bệnh lậu. 
- Nhiễm khuẩn đường mật. 
- Nhiễm khuẩn da, cơ do liên cầu khuẩn, tụ cầu khuẩn E.coli nhạy cảm với amoxicillin.

Không dùng thuốc cho bệnh nhân có tiền sử dị ứng với bất kỳ loại penicillin nào.

- Sự hấp thu amoxicillin không bị ảnh hưởng bởi thức ăn trong dạ dày, do đó có thể uống trước hay sau bữa ăn. Nifedipin làm tăng hấp thu amoxicillin. 
- Khi dùng alopurinol cùng với amoxicillin sẽ làm tăng khả năng phát ban của amoxicillin. 
- Có thể có sự đối kháng giữa chất diệt khuẩn amoxicillin và các chất kìm khuẩn như cloramphenicol, tetracyclin.

- Thường gặp: Ngoại ban (3-10%), thường xuất hiện chậm sau 7 ngày điều trị. 
- Ít gặp: 
+ Tiêu hoá: Buồn nôn, nôn, ỉa chảy. 
+ Phản ứng quá mẫn: Ban đỏ, ban dát sần và mày đay, đặc biệt là hội chứng Stevens-Johnson. 
- Hiếm gặp: 
+ Gan: Tăng nhẹ SGOT. 
+ Thần kinh trung ương: Kích động, vật vã, lo lắng, mất ngủ, lú lẫn, thay đổi ứng xử và/hoặc chóng mặt. 
+ Máu: Thiếu máu, giảm tiểu cầu, ban xuất huyết giảm tiểu cầu, tăng bạch cầu ưa eosin, giảm bạch cầu, mất bạch cầu hạt.

- Phải định kỳ kiểm tra các chức năng gan, thận trong suốt quá trình điều trị dài ngày. 
- Có thể xảy ra phản ứng quá mẫn trầm trọng ở những bệnh nhân có tiền sử dị ứng với penicillin hoặc các dị nguyên khác, nên cần phải điều tra kỹ tiền sử dị ứng với penicillin, cephalosporin và các dị nguyên khác. 
Nếu phản ứng dị ứng xảy ra như ban đỏ, phù Quincke, sốc phản vệ, hội chứng Stevens-Johnson, phải ngừng dùng amoxicillin và ngay lập tức điều trị cấp cứu bằng adrenalin, thở oxy, liệu pháp corticoid tiêm tĩnh mạch và thông khí, kể cả đặt nội khí quản và không bao giờ được điều trị bằng penicillin hoặc cephalosporin nữa.

Ðường uống. 
- Liều thường dùng là 250 - 500 mg, cách 8 giờ một lần. 
- Trẻ em đến 10 tuổi có thể dùng liều 125 - 250 mg, cách 8 giờ một lần. 
- Trẻ em dưới 20 kg thường dùng liều 20 - 40 mg/kg thể trọng/ngày. 
- Liều 3g, nhắc lại sau 8 giờ để điều trị áp-xe quanh răng, hoặc nhắc lại sau 10 - 12 giờ để điều trị nhiễm khuẩn cấp đường tiết niệu không biến chứng. 
- Ðể dự phòng viêm màng trong tim ở người dễ mắc, cho liều duy nhất 3 g cách 1 giờ trước khi làm thủ thuật như nhổ răng. 
- Dùng phác đồ liều cao 3 g x 2 lần/ngày cho người bệnh nhiễm khuẩn đường hô hấp nặng hoặc tái phát. 
- Nếu cần, trẻ em 3 - 10 tuổi bị viêm tai giữa có thể dùng liều 750 mg x 2 lần/ngày trong 2 ngày. 
Ðối với người suy thận, phải giảm liều theo hệ số thanh thải creatinin: 
- Cl creatinin < 10 ml/phút: 500 mg/24 giờ. 
- Cl creatinin > 10 ml/phút: 500 mg/12 giờ.

Bảo quản nơi khô mát (15-30 độ C), tránh ánh sáng.